源自豆包AI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是生物学领域超实用的 “序列比对神器”，能快速找出核酸或蛋白质序列之间的相似性。 一、BLAST 的核心作用：像 “文字查重” 一样比对序列假设你有一段基因序列（比如 ATCGGTAC…），想知道它和已知的基因有啥关系： BLAST 就像拿这段序列去 “图书馆” 查资料：这个 “图书馆” 里存着全世

EST（Expressed Sequence Tag，表达序列标签）是基因研究中一个很实用的概念，下面用通俗的方式来解释它： EST 是什么？—— 基因的 “快递单号”如果把人体所有基因比作一个巨大的 “图书馆”，每个基因就是一本书。EST 就像这本书的 “快递单号” 或 “简短摘要”—— 它是从基因转录成的mRNA（信使 RNA） 上提取的一小段序列（通常长度为 200-500 个碱基）。

维度 MAF 质控 多重检验校正（必须步骤） 目标 过滤低频变异，提升数据质量（非变异或偶然变异不能作为参考目标的基因） 控制全基因组检验的假阳性率（排除不是目标性状的基因） 处理对象 变异（SNP）本身的频率特征 关联分析后的 p 值分布 阶段 关联分析前的预处理 关联分析后的结果处理 方法示例 设置 MAF>0.01 阈值排除低频变异 Bonferroni（p×N

本次我们将以NCBI的GenBank为例，分别通过浏览一个原核基因和一个真核基因，教给大家如何解读一级核酸数据库。 网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 1 原核细胞基因我们首先浏览编码大肠杆菌（原核生物）dUTPase的基因。他在GenBank里的数据库编号是X01714。 1、从NCBI的主页选择GenBank数据库，这个Nucleotid

如下图所示（第二张图是第一张的内容展开）： 一、核心区别：概念的侧重点不同 维度 RefSeqs of Annotated Genomes RefSeqs maintained independently of Annotated Genomes 定义核心 所属关系：RefSeq 序列是 “注释基因组” 的组成部分，即经过注释的基因组中所使用的参考序列。 维护逻辑：RefSeq

总结：如何选择？ 选 UCSC：若需要直观的基因组可视化、整合多源数据展示，或使用历史版本数据（如 hg19）。 选 Ensembl：若需要系统的基因注释、变异功能分析，或通过编程接口批量处理数据。 实际研究中，两者常结合使用：例如用 UCSC 可视化基因组结构，用 Ensembl 的 VEP 分析变异影响，或通过 BioMart 获取跨物种注释数据。 一、相同点 核心目标均致力于存储、整

一、先掌握「三大模式」：Vim 的灵魂！1.命令模式（默认启动进入） 作用：像「指挥官」，输入命令控制 Vim（不能直接打字）。 怎么进入：打开 Vim 就自动在这模式，按ESC键也会回到这模式（新手记不住就多按几次 ESC）。 2.插入模式（打字模式） 作用：像「打字机」，可以输入文字。 怎么进入：在命令模式按以下键： i：在当前位置插入（最常用） a：在光标后面追加 o：在当前行下方新开一行

内容源自豆包AI 四种 BLAST 工具对比表格 工具名称 核心功能 工作方式 适用场景 举例 PSI-BLAST 找远亲蛋白质序列 1. 先做一次普通 BLAST，找出一批相似序列； 2. 把这些序列的共性整理成 “特征档案”（Profile）； 3. 用 “特征档案” 再次搜索数据库，找到更多相似但更远缘的序列； 4. 重复步骤 2-3，直到找不到新序列为止。 发现新蛋白家族或研

软件配置首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。 比如windows系统，解压下如下： 第一种方法：直接调用很多人都是先在windows键找到cmd，然后再进入相关文件夹，其实有个简单的方法：直接在文件夹路径中输入cmd回车： 上面黑黑的框，就是cmd的终端，在里面运行plink软件。 如果输入plink.exe

生物信息学中常用的数据格式主要用于存储、处理和传输基因组、蛋白质等生物分子数据，以下是对它们的通俗描述： 一、核酸序列相关格式FASTA 格式 用途：存储核酸（DNA/RNA）或蛋白质的序列信息。 特点： 以>开头作为序列标识（后面跟名称和注释），例如：>human_gene1 接下来的每行是序列字符（A、T、C、G 等），可换行但无其他符号。 例子： plaintex