科研环境配置

conda环境配置

安装

• 删除原来的环境

conda env remove -n phylo

• 从头安装环境和软件

mamba env create -n phylo -f envs/phylo.yml
conda activate phylo   # 或：mamba activate phylo

• 更新环境中的软件

mamba env update -n phylo -f envs/phylo.yml --prune
conda activate phylo   # 或：mamba activate phylo（如果你的 shell 支持）

• 关于mamba

# 1. 安装 mamba
conda install -n base -c conda-forge mamba

# 2. 安装 fastp
mamba install -c bioconda fastp

# 3. 更新 fastp
mamba update fastp

# 4. 查找 fastp 安装位置
which fastp
conda list fastp

• conda环境下安装R包

mamba install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-tximport bioconductor-rtracklayer r-readr r-dplyr

修复 Conda 镜像配置

请按照以下步骤操作，即可修复问题。

第一步：查看并移除错误的镜像地址

1. 查看您当前的频道列表，确认一下错误的地址确实存在。

   Bash

   conda config --show channels

   您的输出中应该会包含 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/conda-forge 这一行。

2. 移除这个错误的地址。请精确复制并运行下面的命令：

   Bash

   conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/conda-forge

   您可能还需要移除其他指向 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn 的旧地址，如果它们存在的话。重复此步骤即可。

第二步：添加正确的新镜像地址

现在您的配置干净了，接下来我们把正确的地址加回去。这里给您两个选择：

选项 A：使用 Conda 官方默认源 (最稳定)

如果您不追求极致的下载速度，或者清华源不稳定，直接用官方源是最省心的。

# 添加 conda-forge 官方源
conda config --add channels conda-forge

# 添加 bioconda 官方源 (后续生物信息分析会用到)
conda config --add channels bioconda

# (推荐) 设置频道优先级为严格，可以有效避免依赖冲突
conda config --set channel_priority strict

选项 B：使用正确的清华镜像源 (速度快)

清华大学镜像站的 Conda 服务更新了地址结构。以下是当前推荐的配置方法：

# 依次添加清华大学的镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

# (推荐) 设置频道优先级为严格
conda config --set channel_priority strict

第三步：验证并重试

1. 再次检查您的频道配置，确保它们现在是正确的。

   Bash

   conda config --show channels

   输出应该显示您刚刚添加的新地址。

2. 清空 Conda 缓存，以防旧的索引文件造成干扰。

   Bash

   conda clean -all

   根据提示输入 y 确认。

3. 现在，重新运行您最初的创建环境命令。

   mamba install -c conda-forge -c bioconda r-base r-tidyverse r-data.table r-optparse r-stringr r-reshape2 r-gridextra r-patchwork r-readxl r-rlang r-glue r-tibble r-ggplot2 r-ggsci r-ggrepel r-scales r-viridis r-pheatmap bioconductor-complexheatmap r-circlize r-ggpubr bioconductor-clusterprofiler bioconductor-enrichplot bioconductor-annotationdbi bioconductor-go.db bioconductor-gosemsim bioconductor-dose bioconductor-qvalue r-yulab.utils r-gson bioconductor-deseq2 bioconductor-apeglm r-ape r-phytools bioconductor-treeio bioconductor-ggtree

安装字体

1. 激活您的 Conda 环境:

   conda activate your_env_name

2. 使用 Conda 安装字体文件 (如果还没装的话):

   conda install -c conda-forge mscorefonts

3. 确保 Ghostscript 也已安装 (PDF嵌入字体需要):

   conda install -c conda-forge ghostscript

4. 进入 R 环境:

   R

5. 在 R 中执行一次性的字体注册:

   # (如果还没装)
   install.packages("extrafont") 
   
   # 加载
   library(extrafont)
   
   # 扫描并导入字体 (只需做一次，会花几分钟)
   font_import() 

6. 退出 R 环境:

   q()

7. 最后，正常运行您的分析脚本:

   ./run_enrich_module.sh

完成以上一次性配置后，您的 R 环境就永久性地知道了 Arial 字体的存在。之后再运行您的 run_enrich_module.sh 脚本，就不会再出现找不到字体的警告或错误了。

安装go.db

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GO.db")