四种 BLAST 工具

内容源自豆包AI

四种 BLAST 工具对比表格

工具名称	核心功能	工作方式	适用场景	举例
PSI-BLAST	找远亲蛋白质序列	1. 先做一次普通 BLAST，找出一批相似序列； 2. 把这些序列的共性整理成 “特征档案”（Profile）； 3. 用 “特征档案” 再次搜索数据库，找到更多相似但更远缘的序列； 4. 重复步骤 2-3，直到找不到新序列为止。	发现新蛋白家族或研究进化关系	找未知蛋白的远亲 “亲戚”，比如某种酶的古老同源蛋白
RPS-BLAST	用已知模板搜序列数据库	1. 提前存好一批 “标准模板”（如已知蛋白质结构域、功能模块的序列特征）； 2. 直接拿这些 “模板” 去数据库里比对所有序列，看哪些序列包含这些模板特征。	快速定位序列里的功能模块	查某个新测序的蛋白有没有 “DNA 结合结构域” 这类已知功能模块
DELTA-BLAST	让搜索结果更准的改良版 PSI-BLAST	1. 不用 PSI-BLAST 的初始普通搜索，而是用权威数据库（如 Swiss-Prot）预先生成的 “精准模板”（PSSM 剖面）； 2. 直接用 “精准模板” 开始迭代搜索，每次用搜索结果更新模板，逐步找相似序列，但初始模板更可靠，减少误判。	对准确性要求高的相似序列搜索	分析变异大的蛋白家族（如病毒蛋白），避免把不相关序列误判为相似
PHI-BLAST	先找特定特征序列再详细比对	1. 用户先输入一段关键的 “特征序列”（如酶的活性中心、受体结合位点等保守片段）； 2. 工具先在数据库中找到所有包含这段 “特征序列” 的蛋白； 3. 再对这些蛋白进行完整的 BLAST 比对，确认整体相似性。	找有特定功能位点的蛋白质	搜含有 “RGD” 序列（细胞黏附功能）的蛋白，先锁定含 RGD 的序列再细查