如何运行plink软件

软件配置

首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

下载到本地，解压即可。

比如windows系统，解压下如下：

第一种方法：直接调用

很多人都是先在windows键找到cmd，然后再进入相关文件夹，其实有个简单的方法：直接在文件夹路径中输入cmd回车：

上面黑黑的框，就是cmd的终端，在里面运行plink软件。

如果输入plink.exe，就会出现帮助文档：

将plink文件变为0-1-2的编码形式：、

`>plink --file toy --recodeA --out a1` 

*   1

结果：

如果有自己的文件，可以按照这个方式，将plink.exe放到自己的文件夹中，然后按照这种方式执行命令即可。

第二种方法：放到环境变量中

这是经典的一种方法，还记得配置java环境吗，就是加入到环境变量中。如果了解到Linux系统，它就像bin文件夹一样。它的好处是可以在其它文件夹中直接调用，就像你可以在任何文件夹中新建excel一样。

首先，复制这个路径：

然后，打开我的电脑，右键–属性–高级系统设置

直接在上面的2中双击也是比较简单的：点击新建，然后粘贴进去plink.exe的路径即可。

测试：

随便进入一个路径，在目录下键入cmd，进入终端：

键入plink，就会出现帮助文档：

然后输入命令即可。

第三种方法：使用git和bin模仿Linux系统

第三种，也是最简单的一种，安装git软件，然后右键打开git的终端：

然后运行下面命令，将plink.exe放到bin文件夹下：

`mkdir ~/bin/; cp plink.exe ~/bin/` 

   1

键入plink，就可以看到帮助文档，说明已经搞定了。

测试一下：

`plink --file toy --recodeA --out a1` 

*   1
*   2

结果：

[[–logistic和–adjust]]
[[MAF质控和多重检验校正的对比]]
[[–assoc 和 –logistic 对比]]